Sultan II. Beyazıt tarafından Mimar Yakup Şah'a yaptırılan ve T planlı camiler arasında yer alan Beyazıt Camisi, ilk olarak 10 Eylül 1509'da meydana gelen ve "Kıyamet-i Sugra" yani "Küçük Kıyamet" olarak adlandırılan depremi yaşadı.
Bu deprem en büyük hasarı camilere verirken 109 cami tamamen yıkıldı, ayakta kalanların tümünün minaresi tahrip oldu. Ayasofya'nın fetihten sonra yapılan minaresinin yıkıldığı depremde, Beyazıt Camisi ayakta kaldı, bazı kaynaklara göre yalnızca kubbesi hafif çapta zarar gördü.
Fatih Camisi'nin tamamen harap olduğu, Topkapı Sarayı, Eski Saray ve surların etkilendiği, Yerebatan sarnıcının desteklerinden birinin çökmesi sonucu İstanbul'un sular altında kaldığı 1766 Depremi de Beyazıt Camisi'ni etkilemedi.